La forma más sencilla de convertir un disco FAT32 a NTFS

Windows Abre una línea de comandos y, suponiendo que la unidad G: es la que queremos convertir, escribe: convert G: /FS:NTFS Tardará un rato pero no tienes que copiar tus datos (yo de todas formas haría copia de seguridad por si acaso), este comando no debería borrarlos. No se puede hacer al revés, NTFS a FAT32, tendrías que volver a formatear el disco. Sencillo pero efectivo. Visto en LifeHacker
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Reparando una partición NTFS desde Ubuntu

Tienes muchas formas distintas de reparar una partición NTFS corrupta, pero quizás una de las más cómodas y fáciles sea el uso de un Live CD y para ello nada como una buena distribución de Linux. Aunque esta entrada está basada en Ubuntu, es la distribución que uso y la más usada/conocida en el escritorio, los pasos a continuación descritos también los puedes seguir con cualquier otra distribución, lo único que necesitas son las herramientas mencionadas.
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Convertir un disco de FAT32 a NTFS sin perder datos

Windows Bueno esto a alguno le sonará que es una tontería y no es que haya descubierto nada nuevo, pero por ejemplo hoy tenía que volcar una imágen de 35Gb de mi disco duro a uno externo que tengo en FAT32. Por supuesto no quería ni perder la información ni tener que crear otra partición (y sobre todo tener que usar un programa comercial). Todos sabéis que no puedes copiar un fichero de más de 4Gb, con lo que tienes que convertir la partición a NTFS.
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